El CNPq es una agencia independiente (fundación pública) vinculada al Ministerio de Ciencia, Tecnología, Innovación y Comunicaciones (MCTIC), dedicada a la promoción de la investigación científica y tecnológica y a la formación de recursos humanos para la investigación en Brasil. Su misión es fomentar la ciencia, la tecnología y la innovación, actuando en la formulación de sus políticas, contribuyendo al avance de las fronteras del conocimiento, al desarrollo sostenible y a la soberanía nacional.