Colciencias promueve políticas públicas para el desarrollo de la ciencia, la tecnología y la innovación en Colombia. Es la principal entidad de la administración pública para formular, orientar, dirigir, coordinar, ejecutar e implementar la política del Estado, en los campos de la investigación científica, la tecnología y la innovación del Sistema Nacional de Ciencia, Tecnología e Innovación - SNCTeI, transformado en departamento administrativo en 2009.  

Colciencias está constituida por tres departamentos técnicos: Dirección de Fomento a la Investigación, Dirección de Desarrollo Técnico e Innovación y Dirección de Mentalidad y Cultura. Colciencias también trabaja con el área transversal e iniciativas a través de instituciones como Colombia BIO, Oficina Internacional, Ecosistema Científico, e infraestructuras de investigación. Esta última es una iniciativa de total importancia desde la Dirección General que traerá desarrollo del país y mejorará las capacidades de las instituciones de investigación y desarrollo para Colombia.