Colciencias promove políticas públicas para o desenvolvimento da ciência, tecnologia e inovação na Colômbia. É a principal entidade da administração pública para formular, orientar, dirigir, coordenar, executar e implementar a política do Estado, nos domínios da investigação científica, tecnologia e inovação do Sistema Nacional de Ciência, Tecnologia e Inovação - SNCTeI, transformado em departamento administrativo em 2009.  

Colciencias é constituído por três departamentos técnicos: Direção de Promoção da Investigação, Direção de Desenvolvimento Técnico e Inovação e Direção de Mentalidade e Cultura. Colciencias também trabalha com a área transversal e iniciativas através de instituições como Colombia BIO, Escritório Internacional, Ecossistema Científico, e infra-estruturas de investigação. Esta última é uma iniciativa de total importância da Direção Geral que trará o desenvolvimento do país e melhorará as capacidades das instituições de investigação e desenvolvimento para a Colômbia.